Una vez comprobado por medio de ecografía que los folículos han alcanzado el tamaño adecuado y se considera que ya hay disponibles un número adecuado de óvulos, se programa la punción folicular alrededor de 36 horas después de la administración de una inyección de hormona hCG que induce la maduración ovocitaria de forma similar a como tiene lugar en el ciclo natural. La punción se realiza en quirófano y bajo sedación, con el fin de que la paciente no sienta ningún tipo de molestia durante el procedimiento, cuya duración es de 15 minutos aproximadamente

Consiste en la administración de unas inyecciones diarias que conseguirán que los ovarios, en vez de producir un único óvulo, produzcan más ovocitos para poder llegar a obtener un mayor número de embriones. El tratamiento dura entre 10 y 20 días, en función del protocolo utilizado y la velocidad de respuesta de cada paciente. Durante el mismo, se realizan ecografías seriadas y se determina el estradiol en sangre para comprobar que el crecimiento y la evolución de los folículos es el adecuado.